Fundat el 1225 per Nunó Sanç sobre el puig de Bello Vedere (d'on deriva el nom actual) i al costat del riu Segre, la població ràpidament prengué embranzida, convertint-se en el principal centre de la sotsvegueria del Baridà. El 1277 el rei Jaume II de Mallorca donà l'ordre d'aixecar les muralles, punt de partida de la vila. La seva ubicació era estratègica, a la frontera entre el comtat de Cerdanya i el comtat d'Urgell, al costat del camí Ral (avui Camí de Sant Jaume) que unia la Seu i Puigcerdà, i més enllà el Pla de Lleida amb el Rosselló i el Comtat de Foix. D'aquesta època tardomitjanenca en queda l'església gòtica en honor de Sant Jaume, patró de la vila, la torre de la presó del Portal, així com un barri antic, que situaríem entre els segles XVI i XVIII, destacant-ne la Plaça Major, porxada, i el seu entorn urbanístic.

Terra de frontera, a Bellver les lluites amb el francès foren una constant en el decurs dels segles. Fou ocupada sovint entre els segles XV i XVIII. La Cerdanya, com tota la Catalunya Nord, era cobejada pels reis de França, sota el regnat dels borbons. Les incursions eren freqüents. D'aquesta època ens queda l'actual muralla. És una bona mostra de l'arquitectura militar francesa. Prova d'això són els plànols de la forteresa bellverenca, construïda pels militars gals, que es troben a París.

Foren també notables els duels entre nyerros i cadells al llarg del segle XVI i la primera part del XVII, que tingueren en els bellverencs principals protagonistes. D'aquesta marcada presència cadell al municipi, en queda una casa de pagès fortificada, prop de Beders, que porta per nom de La Torre de Cadell. El 1665 el polvorí del castell explotà i com a conseqüència el castell fou destruït. Ara se n'han recuperat els fonaments (se'n pot veure el dipòsit d'aigua, en l'entorn restaurat del passeig arqueològic municipal).

El segle XVII també deixà una història llegendària, la de l'Aldonça Rossa, la bruixeta de Bellver. Sent jove se l'envià a la Vila (Puigcerdà) a vendre una gallina. Pel camí aprengué de dues dones les arts de la bruixeria, així com la de guarir malalties com el xarampió o les galteres. En tornar al poble, es dedicà a curar malalts. Arribada la seva fama de guaridora a la Santa Inquisició, se la jutjà i se li prohibí continuar la pràctica de les seves "arts ocultes".

A mitjan segle XIX, Bellver rebé la visita perllongada d'un il·lustre personatge, en Gustavo Adolfo Bécquer, que visqué a l'antiga fonda de cal Patanó durant mesos. Allí, inspirat pels paisatges i les llegendes locals, hi redactà una coneguda història, La cruz del diablo, en escenaris com el barri antic de Bellver o Sant Martí dels Castells.

La guerra civil de 1936 tingué un marcat episodi el 27 d'abril de 1937, data en què diversos joves de Bellver, en plena revolució anarquista de la Comuna de Puigcerdà, s'enfrontaren als piquets de la CNT-FAI, comandats pel Cojo de Màlaga, Antonio Martín, un malagueny que els dirigia. Des d'algun punt elevat del poble, dispararen al cabdill llibertari i li provocaren la mort, evitant així que el poble patís els abusos d'aquestes faccions anarquistes. Aquest fet forma part ja de l'imaginari popular.